نخستین محاکمه، در ۱۹ اکتبر ۲۰۰۵ در دادگاه ویژه عراق آغاز شد.
در این محاکمه، صدام و هفت متهم دیگر به جرم جنایت علیه بشریت با توجه به وقایعی که پس از ترور نافرجامی که در دجیل در سال ۱۹۸۲ توسط اعضای حزب الدعوه اسلامی رخ داد، محاکمه شدند.
محاکمه دوم و جداگانه در ۲۱ اوت ۲۰۰۶ آغاز شد، که صدام و شش متهم دیگر را برای نسلکشی در جریان عملیات نظامی انفال علیه کردهای شمال عراق محاکمه کرد. سرانجام زمانی که قاضی تصمیم به اخراج صدام گرفت با واکنش صدام روبرو شد.